柏香書院的管理 。 柏香書院作為鹽源縣的“縣學” ， 直接由縣衙管理 。 從書院內部來說 ， 管理內容主要四個方面：一是錄取院士 ， 書院的教育對象統稱院士 。 每年正月 ， 知縣出示招生考期 ， 公布院士名額 。 應考生童預赴禮房報名注冊 ， 屆期到院考試 。 然后由主考官員、院長評卷 ， 出榜曉諭 。 二是品行教育 。 三是學業課考 。 四是事物管理 。
教材 ， 教學 。 書院傳統以習漢儒之學為趨向 ， 多采用陳端禮“讀書分年日程” ， 專力治經 。 柏香書院還采取立功課簿逐日登記 ， 加強自我督促 ， 算是一種創新 。 先讀《大學章句》《或問》 ， 再依次讀《論語集注》《孟子集注》《中庸集注》 。 然后誦讀“本經” 。 先治《周易》 ， 繼治《尚書》《詩經》《禮記》和《春秋》 。 三、四年后 ， 所學課程是：看《通鑒》、讀《韓文》頌《楚辭》 ， 并閱讀科考制度有關的文獻、通典 。 清道光十四年（1834）以后 ， 各書院順應潮流 ， 在上述課程的基礎上 ， 新增《十三經注疏》《史記》《漢書》《三國志》《文選》《杜詩》《昌黎先生集》等自修書籍 。 據記載 ， 當時柏香書院的藏書主要有《史記》《前后漢書》《詩經傳說》《書經傳說》《周易述義》《禮記義疏》《儀禮義疏》《春秋傳說匯纂》《周官義疏》《三國志》等 。

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（柏香書院部分教材）
柏香書院在教學上也注重講學 ， 其方式主要有以下三種：一是請名儒到院主講 ， 目的在闡發儒經義蘊 ， 或學派要領 。 二是不定期舉辦講學會 ， 目的在通過互相爭辯 ， 辨析不同學派異同 ， 以發揮某一學派精義 。 三是宣講式講學 ， 一般由學官（教諭或訓導）主講 ， 目的在為朝廷、官府起“訓官化民”作用 ， 聽者不限于本院生童 。 鹽源屬于邊遠山區 ， 不易請到名師大儒講學 ， 多任知縣都親自到柏香書院講學 。 他們來自外省經濟文化發達之地 ， 一般都是進士 ， 為書院教學起到了很好的推動作用 。 如光緒十七年任鹽源知縣的歐陽銜（江西安?？h進士 ， 曾任吏部主事） ， 在長詩《重來歌》中有句云：
一行作吏鹽源令 ， 萬里地利同人和 。
殷勤講學柏香院 ， 甲午丁酉連登科 。
司馬揚雄三蘇氏 ， 蜀國自古人才多 。
關于學額 。 “鹽源縣向系中學 ， 設自雍正六年 。 歲試 ， 原額取入文童十二名、武童十二名；科試 ， 原額取入文童十二名、廩額十二名、增額二十名 。 嘉慶九年新設寧遠府學 ， 裁撥歲科兩試文武學額及廩增額各二名 。 現額歲試取入文童十名、武童十名；科試取文童十名；每試現額外取二名；撥充府學廩膳生額十八名 ， 增廣生額十八名 。 歲貢二年一次 。 本縣原額廩生二十名 ， 每名歲支餼糧三兩二錢 ， 共銀六十兩 。 遇閏每名加增銀二錢六分六厘六絲四忽 。 每歲具領 ， 赴藩庫請領支取 。 于嘉慶十三年起 ， 在地丁內扣支 。 又于嘉慶十四年奉文將額廩生撥歸府二名 ， 現存十八名 ， 每歲共支餼糧銀五十七兩六錢”（清光緒《鹽源縣志》） 。 與會理州學持平 ， 西昌縣學略高 ， 冕寧縣學、越西廳學、雷波廳學略低 。
經費與校產 。 柏香書院雖屬鹽源縣學 ， 但是縣衙門撥款就連教師最基本的工資和生員膏火都不能解決 ， 捉襟見肘 。 柏香書院的經費 ， 主要以籌集鹽灶租、壇地租、廟產等收入作教師的薪金和學生的膏火 。 大的維修改造、開展大型活動等開支只能靠自籌經費 ， 來源主要是校產收入和募捐 。 據光緒《鹽源縣志》所載 ， 柏香書院的“院田”有二十一項 ， 如：

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