【用于推斷蛋白質進化路徑的技術被認為不可靠】對祖先的視覺色素和它們的突變型的實驗性研究對蛋白質進化研究廣泛使用的簡化假定提出了質疑
發表在11月號的《生物科學》（BioScience）雜志上的一篇論文說，生物學家在過去四分之一世紀里在研究蛋白質分子進化廣泛依賴的一個關鍵假定是“很成問題的” 。
美國埃默里大學的視覺研究人員Shozo Yokoyama的這篇論文概述了一些實驗研究，這些研究制造和衡量了包括人類在內的脊椎動物眼中的視覺色素的數十種重建的祖先版本以及故意改造的變種的屬性 。Yokoyama得出結論說，他評估的實驗“嚴重質疑”了“分子適應的基礎原則” ， 后者是基于一大批蛋白質的進化變化的重建的數以千計的論文的基礎。他寫道 ， 這類研究使用的統計工具“不可靠” 。
在嘗試理解蛋白質和它們的屬性如何隨著時間推移而變化的時候，生物學家通常做出簡化的假設 。其中一個假設就是蛋白質一個特定位點的變化可能以類似的方式影響這個蛋白質的祖先和現代形式 。這種簡化讓計算機可以相對容易地推斷出帶來現代生物的這種蛋白質形式的可能的進化道路——例如，在深海魚類（它們生活在沒有紫外線的環境中）身上發現的視覺色素以及在淺水魚身上發現的不同的色素 。
Yokoyama制造出了假定的祖先色素以及可能通過突變產生的變種，然后準確測量了它們的屬性 ， 從而檢驗了這些假定 。結果令人不安：當向這些蛋白質引入同一個突變的時候，蛋白質的相關版本的屬性可能常常以不同方式變化 。其結果是，標準的計算和統計方法可能很少能發現實驗支持的進化路徑 。Yokoyama表示他希望其他科研人員將開始制造和檢驗重建的祖先蛋白從而評估關于它們的進化的假說，而不僅僅是依賴于計算方法 。

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