20世紀70年代中期長沙馬王堆漢墓“女尸”的發現震驚中外 。其尸骨保存之完好舉世罕見 。由此，有人推測秦始皇的遺體也會完好地保存下來 。

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雖然客觀上具備保護遺體條件，但秦始皇遺體是否完好地保存下來呢?如果單從遺體保護技術而言，相距秦代不足百年的西漢女尸能很好地保護下來，秦代也應具備保護遺體的防腐技術 。
問題是秦始皇死在出巡途中，而且更糟的是正值酷暑時節，“尸體”未運多遠，便發出了熏人的腥味，為了防止腥味擴散，走漏 “風聲”，趙高、胡亥立即派人從河中撈了一筐筐鮑魚 ， 將鮑魚與“尸體”放在一起以亂其臭 。
這樣，經過50余天的長途顛簸，九月，尸骨終于運回咸陽發喪 。秦始皇由死到下葬間隔近兩個月 。根據當代遺體保護經驗 ， 一般遺體保護須在死者死后即刻著手處理 。如若稍有延誤，尸體本身已開始變化，恐怕再先進的技術也無能為力 。
秦始皇遺體途中就開始腐敗，尸體運回咸陽等不到處理恐怕早已面目全非了 。據此推測秦始皇遺體保存完好的可能性很小 。
謎團2：秦陵幽幽地宮深幾許?
據最新考古勘探資料表明：秦陵地宮東西實際長260米，南北實際長160米，總面積41，600平方米 。秦陵地宮是秦漢時期規模最大的地宮，其規模相當于5個國際足球場 。

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通過考古鉆探進一步證實，幽深而宏大的地宮為豎穴式 。司馬遷說“穿三泉”，《漢舊儀》則言“已深已極” 。說明深度挖至不能再挖的地步，至深至極的地宮究竟有多深呢?神秘的地宮曾引起了華裔物理學家丁肇中先生的興趣 。
他利用現代高科技與陳明等三位科學家研究撰文，推測秦陵地宮深度為500至1500米 。
現在看來這一推測近乎天方夜譚 。假定地宮挖至1000米 ， 它超過了陵墓位置與北測渭河之間的落差 。那樣不僅地宮之水難以排出，甚至會造成渭河之水倒灌秦陵地宮的危險 。
盡管這一推斷懸殊太大，但卻首開了利用現代科技手段探索秦始皇陵奧秘的先河 。國內文物考古、地質學界專家學者對秦陵地宮深度也作了多方面的研究探索 。根據最新鉆探資料，秦陵地宮并沒有人們想像的那么深 。
實際深度應與芷陽一號秦公陵園墓室深度接近 。這樣推算下來，地宮坑口至底部實際深度約為26米，至秦代地表最深約為37米 。這個數據應當說不會有大的失誤，這是依據目前勘探結果推算的 。但是否如此尚有賴于考古勘探進一步驗證 。
謎團3：秦陵地宮埋“水銀”之謎
始皇陵以水銀為江河大海的記載見于《史記》，《漢書》中也有類似的文字 。然而，陵墓中究竟有沒有水銀始終是一個謎 ?，F代科技的發展為驗證秦陵地宮埋水銀這一千古懸案提供了必要的前題條件 。
地質學專家常勇、李同先生先后兩次來始皇陵采樣 。經過反復測試 ， 發現始皇陵封土土壤樣品中果然出現“汞異常” 。相反其它地方的土壤樣品幾乎沒有汞含量 。科學家由此得出初步結論：《史記》中關于始皇陵中埋藏大量汞的記載是可靠的 。
謎團4:兵馬俑伉被焚之謎
考古人員在清理兵馬俑坑時發現，一、二號坑中有很多火燒的痕跡，陵區有大面積的火燒土分布，同樣考古人員在對秦陵陪葬坑的挖掘中也發現了大量火燒土和殘余焦木，坑中的棚木基本上都被化為灰燼 。究竟是誰對兵馬俑坑進行了如此巨大的破壞?

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