明孝陵當然有朱元璋的遺體，而且還是與馬皇后的合葬墓，明孝陵還是明清皇陵之首，有“明清皇家第一陵”之美譽 。

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早在洪武十四年（1381年），朱元璋便開始著手營建自己的皇陵，這一年，朱元璋任命中軍都督府僉事李新主持陵墓的營建工程 。
皇陵剛剛開始營建的第二年，洪武十五年（1382年），馬皇后去世，朱元璋悲痛的同時，也在發愁馬皇后的葬處，當時皇陵剛開始營建不到一年，最后經朱元璋決定，馬皇后于同年九月葬入皇陵，并定名為“孝陵” 。“孝陵”之名稱，有兩種說法 ， 一說取意于謚中的孝字，有“以孝治天下”之意，另一說馬皇后謚號“孝慈”（孝慈高皇后），故名之 ， 馬皇后生前與朱元璋非常恩愛，朱元璋很敬重馬皇后，為表思妻之情將皇陵命為孝陵也屬正常 。

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馬皇后葬入孝陵后 ， 地宮封閉，皇陵繼續營建 。
洪武十六年（1383年）孝陵享殿等主體工程基本完工 ， 先后調用軍民能工巧匠達10萬，一直到明成祖永樂三年（1405年）才宣告建成，歷時長達25年時間 。明孝陵的建筑布局分為兩大部分 ， 一為導引建筑的神道，二為陵寢主體建筑 。整體建筑規模恢弘，氣勢磅礴，代表了明初建筑和石刻藝術的最高成就 。

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洪武三十一（1398年），明太祖朱元璋駕崩于京師應天府，關閉了十六年的明孝陵地宮被再一次打開 ， 朱元璋的遺體與馬皇后合葬于孝陵 。永樂十一年（1413年），在孝陵建成“大明孝陵神功圣德碑”，至此明孝陵的一切建設工程結束，前后斷斷續續建了30余年 。
明孝陵作為明十三陵之首，整體建筑宏達，建筑雄偉，明季以來均得到很好的保護 ， 明末清朝入關 ， 因受漢文化影響及為籠絡廣大漢民族以加強統治，明朝的統治者對以明孝陵為首的明十三陵實施了保護政策，使其免于遭受戰火的破壞，所以明孝陵至今都沒有被盜過，地宮也從未被打開過，這說明目前在明孝陵還很好的保留著朱元璋和馬皇后的遺骸 。
明孝陵和明十三陵的其他皇陵早在1961年便被列為首批全國重點文物保護單位，2003年還被聯合國教科文組織列為世界文化遺產，是首批國家5A級景區，中國規模最大的皇陵之一 。
明孝陵坐落在南京紫金山南麓獨龍阜玩珠峰下，是明太祖朱元璋與其皇后的合葬陵寢 。明孝陵不僅葬著朱元璋與馬皇后 ， 還有與朱元璋殉葬的若干名妃嬪 。據明史相關記載 ， 凡沒有為朱元璋生育的妃嬪悉數被殉葬 。
【朱元璋馬皇后葬在哪里 朱元璋真的葬在明孝陵嗎】朱元璋是戰國之后第一位重新啟用殉葬制度的皇帝 ， 他的子孫們代代效仿，直到明英宗時期，朱祁鎮再次廢除殉葬制度 。


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