沉船的體積碩大，加之現場條件所限 ， 使得提取工作困難重重 。為了將古船整體提取出來，考古人員“破解”了多道難題 。
難題一：拆解困難　對策：區別對待船板
沉船船長達21米，寬4.8米 。船體自重約兩噸 ， 加上提取加固時的附加重量，以及必要的包裹泥土，總的提取重量將達到七八噸 。這樣一個重量，要想從4米深的地下提取出來，幾乎是不可能完成的 。于是考古人員采取了拆解提取法 。
沉船左側艙壁板已經腐朽，而且沉船各部位脫水程度不一，給提取工作造成不小的麻煩 。如船頭、船尾部分木板脫水較大 ， 易于拆解；而右艙壁中部脫水程度較低，拆解時木板還往外淌水，木質較為疏松 。
沉船船艙采取“魚鱗式搭接法”構建，木板與木板之間有卡槽，環環相扣，然后用鐵釘加固 。盡管歷經數百年地下埋藏，有的木板與木板之間，連接仍結實 。有的則腐朽較重，幾乎一碰就爛 。
對腐朽較輕的，考古人員用木楔打入，慢慢地將船板和船釘撐開 。對于腐爛程度較重的船板，則用小鋸條一點一點切割船釘 。
難題二：容易扭曲對策：“請君入鐵框”
沉船呈60度角向東側傾覆之后，接觸河底的部位呈現出一個不太規則的弧形 。如果提取時各部位不能同時受力，導致船體發生扭曲，將對文物造成不可挽回的后果 。
考古人員做了詳細的方案 。省歷史考古研究所李勝利介紹，船身部分每隔一米，用三角鐵焊接成一個鐵框，十幾個鐵框被連接成一個整體；最后 ， 再用強度極強的工字鋼從下面兜住，形成一個更大的鐵框 ， 將船體整體定位 。
在這個“請君入甕”過程中，考古人員必須熟練地運用力學、鋼結構、吊運、焊接和木工，以及代數幾何等方面的知識 。
難題三：裝運費勁裹4層：“衣服”對策
拆解下的艙板較短的有七八米長，最長的達13米 。拆解前，考古人員將每塊木板一一編號、繪圖、拍照，在沉船圖紙上標好位置 。
考古人員還為每塊木板制作了一個大小相當的龍骨架托 。先用塑料薄膜把木板包裹起來，便于保濕，否則一旦脫水太快 ， 極易變形甚至斷裂；之后，用膠帶纏繞幾遍，加固船板與“龍骨”，使之渾然一體；在膠帶的外面，再用結實的彩色塑料和膠帶各裹上幾層 。這些每條重約千斤的船板就被嚴密地保護起來了 。
沉船提取后將進入兩年的室內整理 。之后將作為菏澤市一特色文物 ， 在計劃新建的博物館展出 。后者比考古發掘過程“要復雜得多” 。
“你永遠不知道下一步會遇到什么困難 。”孫明說，“到了室內整理階段 ， 耐心變得很重要，心里必須時時繃緊安全弦，全面考慮各種可能性，生怕給文物造成不可挽回的傷害 。”
【圖菏澤元代古沉船又出珍寶 銅錢飾品樣式奇特】對于每一片運到博物館的文物，孫明等人都要一一清洗、消毒、測量、繪圖、照相，再進行分析研究，編寫發掘報告，其間還要對文物進行耐心修復 。經過如此繁瑣、冗長的工作，觀眾才可以細心地品味它們的風韻

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