有人的地方就有江湖，有江湖的地方就有利益，……有紛爭的地方就有派系。梁山作為一個大團體，也充滿著恩怨情仇，糾紛利益，所以梁山中也形成了不少小團體，例如以親友團為主的登州派，以二龍山為主的三山派等，它們都是實力強勁的派系，梁山的頭領宋江，也有以他為核心的宋江派。梁山的不少好漢，是因為宋江的緣故而上梁山的，所以他們大多是宋江的支持者，自然也就是宋江派的人，這些人包括花榮、秦明、李逵、戴宗、雷橫、朱仝、王英、扈三娘、宋清等，宋江派系是梁山人數最多的一個派系，所以在梁山有很強的影響力，但他們內部之間存在不少矛盾，例如扈三娘和李逵有殺害全家的不共戴天之仇，朱仝和李逵有殺害小衙內的一筆血債。
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宋江派系雖然人數最多，但這個派系中高手不多，只有花榮、秦明算頂尖高手，李逵、雷橫、朱仝、扈三娘等人，只能算準一流和二流高手，其他的更不行了，而且成員間有矛盾，也會影響實力。梁山派系中最團結的就是登州派了，登州派是以親友為主的一個派系，它的核心成員是病尉遲孫立，其他成員包括孫立的弟弟孫新，弟婦顧大嫂，表弟解珍、解寶，朋友鄒淵、鄒潤等，這個派系中只有孫立算準一流高手，其他的武功都不行，所以宋江不太重視他們。宋江為了分化登州派，將解珍、解寶放在了天罡之列，而將核心成員孫立放在了地煞，其他成員排名更差。這也起到了一定的效果，登州派中的解珍、解寶，逐漸和其他成員分割開了，導致他們在征討方臘戰死的時候，登州派其他成員都沒機會去救，而其他成員都不想為宋江賣命，所以順利活了下來。
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梁山元老派也是梁山一支實力較強的派系，它的核心成員是豹子頭林沖，由于宋江和晁蓋有過節，而梁山元老派忠于晁蓋，所以宋江對梁山元老派有防備心理，他讓林沖進入了馬軍五虎之列，但將關勝放在了馬軍五虎之首的位置，讓關勝制衡林沖。同時，宋江還將李俊、張順、張橫安排為了水軍頭領，利用他們來壓制梁山元老派中的三阮，這讓宋江壓制住了梁山元老派。梁山中的登州派和元老派，基本上被宋江給壓制住了，而三山山派，由于它的核心成員是魯智深和武松，以及獨來獨往的楊志，3人都和宋江合不來。同時，魯智深和武松背后，還有二龍山、桃花山和少華山兄弟們的支持，以及魯智深和林沖關系很好，所以宋江很難控制住他們。
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三山派中的兩位核心人物，魯智深和武松，也是梁山中為數不多的敢和宋江唱反調的人，宋江提出要招安時，就是他倆站出來反對的，但由于三山派勢力強大，宋江只能對他們采取安撫策略。不過三山派雖然實力強大，可以對宋江起到制衡作用，但他們不是梁山實力最強的一個派系，而宋江最怕的，是梁山的另一個派系，朝廷降將派。這個派系的人，都是因為兵敗被俘后投降梁山的，按照大宋的法律，他們都應該被判處死刑，但他們又不想過土匪生活，所以都希望梁山早日被招安。
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梁山中朝廷降將共有16人，但由于宋江將花榮的妹妹嫁給了秦明，這讓秦明成了宋江的死忠，所以秦明是宋江派的人，朝廷降將派就只剩15人了。這些人由于都是朝廷將領，所以很瞧不起小吏出身的宋江，董平被梁山俘虜后，痛罵宋江：“文面小吏，該死狂徒?！睆埱灞环?，指著宋江的鼻子大罵：“水洼草賊”，罵著最狠的還要數關勝：“水泊草寇，汝為俗吏，……巧言令色，怎敢瞞吾！若不下馬受降，著你粉骨碎身！”

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