這么多官兵的日常費用，就是一筆巨大的開支，大明帝國逐漸不堪重負 。
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各邊為進行備戰與士兵給養所需的軍餉，起初多仰給于屯田，正統年間之后，逐漸由京師太倉供應 。各邊軍餉供給的額數，弘治、正德年間時 ， 每年大約43萬兩；嘉靖年間最高達到每年270多萬兩；萬歷時期，每年則多達380多萬兩，這與當時明朝每年田賦收入的總數大體相當 。
九邊的設置，雖然使明朝北部邊塞形成一條東起鴨綠江，西抵嘉峪關，廣袤萬里、烽堠相望、衛所互聯的北方堅固防線，對加強北部邊防起了一定的作用，但也耗費了大量的人力物力 。同時，各邊鎮、所、邊墻、堡等軍事附屬設施的修筑，耗用了大量的資金，調動了數以萬計的軍民，終其明朝263年間幾乎沒有中斷過 。
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明朝各代為此不得不加捐加稅 ， 尤其在明中葉以后 ， 各級軍官貪污盤剝，加上餉銀短缺 ， 軍士往往因無法生活而發動兵變 。
維持九邊的巨大費用成為明朝財政日益拮據、經濟衰退、王朝沒落的重要原因 。
2、閉關絕貢消極防御 ， 戰略體制不合時宜 。
朱元璋建立明朝以后，元朝的殘余雖然退到“塞北”，但其軍事實力仍然很強 。朱元璋派15萬大軍三路進擊漠北 ， 結果除西路軍打通了河西走廊外，中路和北路都大敗而歸，于是修筑了從燕山到軍都山的關塞隘口 ， 而西邊則棄敦煌劃嘉峪關為界 。
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明成祖朱棣設置了遼東、宣府、大同、延綏四鎮，以后又設寧夏、甘
肅、薊州及山西、固原五鎮 ， 形成長城沿線九大防區的九邊重鎮，部署了
百萬大軍 ， 但這些措施都沒有從根本上解決北部邊防問題 。
朱棣死后 ， 明王朝再也無力對蒙古各部進行大規模的遠征 ， 而且還先后放棄了大寧衛、東勝衛，防御線遠離陰山、黃河天險 ， 南移數百里至山西 大同、陜西榆林一帶 。而這些地區基本無險可依，只好修長城、建城堡，以遏阻剽悍勇猛的蒙古騎兵南下 。
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其實在多數正常年景里 ， 北面的馬上民族是希望與中原進行和平貿易的 。但是在嘉靖年間，由于軍事上不能夠取勝，明王朝便趁北方草原出現大災之際，中止貿易，對蒙古各部實行經濟封鎖 。當時蒙古首領俺答汗多次派人奉書表示愿意臣服于明廷，請求在長城關口恢復互市貿易，但都被明王朝武斷拒絕了，甚至多次出現邊將為冒功領賞而擅殺來使的情況 。
于是在嘉靖二十九年(1550)夏，俺答集合了十余萬蒙古騎兵大舉南下 。大同總兵仇鸞竟送重金給俺答，求其不要進攻大同鎮，俺答便移兵進攻宣府鎮、薊鎮 ， 順潮河南下，一直打到北京城外圍城三天，史稱“庚戌之變” 。
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由此導致此后二十余年間，俺答連年南下擄掠，明王朝雖不斷地修筑長城，加強邊鎮守衛力量，但并未起到有效的防御作用 。
此時雖然長城全線貫通連接，九邊防御體系得到完善，但此時的明王朝已經開始衰落，貪污腐敗成風，各級官吏巧奪豪取屯田，任意役使衛所軍士 ， 很多軍士淪為佃戶 。
據黃云眉《明史考證》載：宣府諸塞下腴田，無慮數十萬，悉為豪右所占；弘治時，張泰言甘州膏腴地 ， 悉為中官武臣所據······”
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